Nascido no Paço das Alcaçovas no dia 3 de maio de 1455, João era filho do rei Afonso V de Portugal com Isabel de Coimbra, princesa de Portugal. Sucedeu seu pai no trono após sua abdicação no ano de 1477, apesar de logo Dom Afonso retornar e ter seu poder novamente. No ano de 1481, quando Dom Afonso faleceu, João II tornou-se, então, rei de Portugal. João, apelidado de “o Príncipe Perfeito”, foi rei de Portugal em dois períodos diferentes, sendo que em 1477 passou somente quatro dias no trono. Ao assumir, após o falecimento de seu pai, permaneceu no reinado até sua morte.
Foi o décimo terceiro rei de Portugal, e sempre procurou entendimento entre outros povos para que não tivesse problemas em sua política de expansão pelo mar, sendo conhecido por apresentar intensa atividade diplomática com países europeus, como foi o caso da embaixada de Vasco de Lucena, que foi enviada a Roma no ano de 1485.
Durante a última fase de seu reinado, há um intenso problema na sucessão do trono. Afonso, seu filho e então príncipe, estava comprometido desde sua infância à Isabel de Aragão e Castela, para herdar os tronos. O jovem, entretanto, veio a óbito durante um misterioso acidente em que sofreu uma queda, no ano de 1491. Dom João II tentou, por muito tempo, obter a legitimação de seu filho bastardo, o Jorge de Lancastre, mas sem sucesso
No ano de 1494 assina o Tratado de Tordesilhas, onde a terra é dividida em duas zonas de influência atribuídas à Portugal e à Espanha. O Brasil ficava na zona de influência de Portugal, o que fez com que historiadores supusessem que Dom João II tinha conhecimento sobre a existência do território. A ação de Dom João II foi focada em centralização e fortalecimento do poder real, reprimindo nobres e abatendo o poder das grandes casas do reino.
Dom João II levava muito em consideração a opinião do povo, mas só reuniu a corte quatro vezes durante todo o seu reinado em decorrência do seu conceito de autoridade real. Suas relações externas, entretanto, objetivavam criar laços entre vários reinos, objetivando, como mencionado anteriormente, facilitar o processo de expansão marítima.
A fase final de seu reinado foi marcada significativamente pelo problema da sucessão do trono. Não conseguiu que seu filho bastardo herdasse o trono, nomeando, em seu testamento, como seu sucessor, Dom Manuel, seu cunhado. Morreu no ano de 1495, no Algarve e, segundo historiadores, sua morte pode ter ocorrido em decorrência de envenenamento.